258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Leu-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  93.88 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  94.87 
 
 		 98 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3125t  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.556265  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0064  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0060  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0026  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0068  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0024  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R12  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0024  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0559  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2172  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.204006  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0032  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>