More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_R0122 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  91.86 
 
 
87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  92.96 
 
 
87 bp  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  92.96 
 
 
87 bp  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  93.85 
 
 
87 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0025  tRNA-Leu  88.51 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0595639  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  97.96 
 
 
87 bp  89.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  97.83 
 
 
87 bp  83.8  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  97.83 
 
 
87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  100 
 
 
98 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  88.73 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  95.74 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  89.55 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  89.55 
 
 
89 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  89.23 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  89.23 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  88.06 
 
 
89 bp  69.9  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  87.32 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  88.06 
 
 
89 bp  69.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  88.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  90.57 
 
 
83 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  87.69 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  90.57 
 
 
83 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>