244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0029 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0026  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0068  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0060  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0064  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0002  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  92.59 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  91.84 
 
 		 98 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97423e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0256  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000344559  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0066  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0037  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.507669  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>