217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0022 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0020  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.012052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0034  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404979  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0062  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332284  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.247975  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0080  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0013  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398291  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0068  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000344448  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0041  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000982654  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0076  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.243521  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0030  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0018  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000323651  normal  0.27333 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0084  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0386736 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1129  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.157736  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0010  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000141712  hitchhiker  0.00444268 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0738  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0135197  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1289  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1298  tRNA-Leu  98.78 
 
 
85 bp  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.199566  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0032  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0006  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831303  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0008  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  143  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.577966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0080  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  143  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0005  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  143  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.13932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0007  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  143  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000213496 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  143  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0469942  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  95.12 
 
 
85 bp  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  95.12 
 
 
85 bp  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0074  tRNA-Leu  98.55 
 
 
84 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0041  tRNA-Leu  98.55 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135898  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0011  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0552759  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  93.75 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  93.75 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0023  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  93.75 
 
 
85 bp  95.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  92.54 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  89.02 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  94.34 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  94.34 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  91.18 
 
 
86 bp  79.8  0.00000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  90.62 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  89.55 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  89.39 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0021  tRNA-Leu  89.39 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000206459  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0016  tRNA-Leu  89.39 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0115264  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  97.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  97.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  97.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  97.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  89.06 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  92.31 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  89.06 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0027  tRNA-Leu  97.44 
 
 
84 bp  69.9  0.00000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000236208  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0017  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000127557  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0010  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000723961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0022  tRNA-Leu  87.88 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0600671  normal  0.0213265 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  87.65 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  95.12 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  95.12 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  91.84 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0013  tRNA-Leu  97.22 
 
 
82 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  95 
 
 
91 bp  63.9  0.000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  91.67 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0645  tRNA-Leu  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.481512  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  91.3 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  85.19 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0029  tRNA-Leu  94.74 
 
 
82 bp  60  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0125936  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0009  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170483  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  92.86 
 
 
83 bp  60  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  92.86 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  92.86 
 
 
83 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  92.86 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>