263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0013 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  93.67 
 
 
85 bp  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  92.41 
 
 
85 bp  109  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  92.41 
 
 
85 bp  109  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  89.02 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  92.42 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  97.92 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  87.8 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  90.91 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  87.34 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0043  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.446566  hitchhiker  0.00000163601 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2631  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  89.39 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  89.06 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  95.35 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0001  tRNA-Leu  89.39 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  87.88 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  86.25 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0012  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.87 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1733  tRNA-Leu  94.87 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0877  tRNA-Leu  94.87 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00381857  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  92.86 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1202  tRNA-Leu  97.06 
 
 
83 bp  60  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.5141  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  94.59 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  94.59 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  94.59 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0041  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135898  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  89.58 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0074  tRNA-Leu  89.58 
 
 
84 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  90.91 
 
 
85 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0023  tRNA-Leu  85.94 
 
 
85 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  94.29 
 
 
85 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  94.29 
 
 
85 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0057  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000344559  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0013  tRNA-Leu  94.29 
 
 
82 bp  54  0.000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  94.12 
 
 
87 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  94.12 
 
 
86 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309361  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.46023  hitchhiker  0.0000702886 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>