291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0092 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  91.36 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3446  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1733  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0877  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00381857  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1202  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.5141  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0013  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0057  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000344559  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0001  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0009  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu03  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.47359  normal  0.197924 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0032  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.979031  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0025  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.579684  normal  0.318502 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0032  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00179393  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0018  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0045  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309361  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0017  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000127557  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0007  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213496 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0022  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0600671  normal  0.0213265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0074  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0018  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000323651  normal  0.27333 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0006  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0125936  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1289  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0738  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0135197  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0080  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0080  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0062  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0084  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0386736 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1129  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.157736  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0020  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.012052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>