296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0126 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 86 bp  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3446  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0001  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0256  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0877  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00381857  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1733  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0002  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.484304  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1202  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.5141  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0026  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.46023  hitchhiker  0.0000702886 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309361  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  85.07 
 
 		 98 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0013  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0037  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000147646  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>