297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0003 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1365  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1359  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.331656  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0237  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000149567  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  96.88 
 
 		 114 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0029  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0032  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0173175  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0108  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000140726  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0261  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000000661885  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>