297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0030 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 82 bp  147  5e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 84 bp  89.7  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24950  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.53191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 81 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0045  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.936664  normal  0.134818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  90 
 
 		 83 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  79.8  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 81 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1365  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 84 bp  77.8  0.0000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  89.83 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  89.83 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  89.83 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  89.83 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  95 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  95 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  95 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>