73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1365 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1365  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  96.39 
 
 		 84 bp  125  2e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0045  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.936664  normal  0.134818 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 81 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10010  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.592276  normal  0.477324 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0005  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.202243  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00430  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.366056  normal  0.305981 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>