More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0005 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0559  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2172  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.204006  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 82 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 81 bp  79.8  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 81 bp  79.8  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 81 bp  73.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt07  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0086  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208986  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0830  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2516  tRNA-Leu  85.9 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00849706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2526  tRNA-Leu  85.9 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000137231  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2220  tRNA-Leu  85.9 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2230  tRNA-Leu  85.9 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000227331  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0416  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0685783  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0027  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2630  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2316  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 81 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4574  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000586853  normal  0.081406 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0098  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596952  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5729  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000974817  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0101  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000651871  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108286  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000126286  hitchhiker  0.0000000180291 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5636  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0215  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0857  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0782  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.20057e-31 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1359  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.331656  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0025  tRNA-Leu  95 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.333902  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0625  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00420103  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0044  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0019  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531024  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0006  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000531495  normal  0.328026 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0054  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.292652 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0066  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0100  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568264  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0026  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000829114  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>