More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_t1580 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  93.06 
 
 		 82 bp  103  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 82 bp  81.8  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  89.33 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 82 bp  81.8  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 81 bp  73.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 81 bp  73.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0057  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0744744  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0782  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.20057e-31 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5729  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000974817  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4574  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000586853  normal  0.081406 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108286  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5636  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0857  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0098  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0559  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2172  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.204006  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0215  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0101  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000651871  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0067  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0019  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000126286  hitchhiker  0.0000000180291 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0010  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000415832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0068  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0026  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000829114  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0416  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0685783  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0086  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208986  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2630  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2316  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>