111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0029 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0051  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0046  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  89.8 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19841  acetylornithine aminotransferase  96.77 
 
 		 1257 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0786665 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0033  tRNA-Leu  87.3 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0307  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0014  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0032  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  81.71 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2563  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0643  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309098  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309130  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309210  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309171  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.622371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0041  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000041426  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309380  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0025  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0001623  hitchhiker  0.000378957 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>