131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0043 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0041  tRNA-Leu  94.2 
 
 		 86 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  91.78 
 
 		 87 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  90 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0025  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00953223  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0040  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000876767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0062  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000546753  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0031  tRNA-Leu  87.04 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0014  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0032  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1159  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141825  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309098  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309130  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309210  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309171  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.622371  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309380  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>