134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1225 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.00000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 90 bp  79.8  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0032  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0014  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0027  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0221479  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5693  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000772735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5727  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000902982  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00102421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000281686  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.556513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000595442  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000721047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000205761  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000754212  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000609501  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5731  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000102685  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1224  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0795794  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0027  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0171  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.661922  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5814  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000499245  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5638  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.114187  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0038  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0784  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4572  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000682737  normal  0.11126 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4998  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0217  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000698181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0023  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0238053  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0103  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000553911  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0138  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00946878  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5029  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000533026  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0100  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00161932  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0859  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0911  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19630  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.93343  normal  0.0188921 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.760508 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0021  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.729183  normal  0.627845 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>