169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1372 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0040  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000876767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0039  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240942  unclonable  0.0000109748 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0034  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.333155  hitchhiker  0.000426709 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt08  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00502117  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890784 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0027  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2563  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1159  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141825  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0054  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000429153  normal  0.0864889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19630  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.93343  normal  0.0188921 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0025  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0221479  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0045  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0092775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>