75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0039 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309198  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.439755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  48.1  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0001  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.761083  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0048  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0035  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.022075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t58  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334218  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0072  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828257  normal  0.1525 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0051  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.815889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07695  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.343405  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00179393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.979031  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0038  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.579684  normal  0.318502 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  81.71 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  81.71 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>