19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_R0051 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.815889  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828257  normal  0.1525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t58  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334218  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0011  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.664926  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0876  tRNA-Leu  84.93 
 
 
86 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.322681  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  90 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0036  tRNA-Leu  84.62 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0035  tRNA-Leu  88.37 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0032  tRNA-Leu  96.3 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102666  normal  0.269266 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  91.43 
 
 
89 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  91.18 
 
 
92 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1381  tRNA-Leu  89.47 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0032  tRNA-Leu  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0025  tRNA-Leu  96.15 
 
 
82 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0041  tRNA-Leu  96.15 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0037  tRNA-Leu  93.33 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00452549 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0035  tRNA-Leu  93.33 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>