193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0088 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  90.67 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0001  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.761083  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309198  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.439755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu01  tRNA-Leu  95 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0035  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.022075 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0020  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07695  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0005  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  100 
 
 		 98 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>