70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_R0011 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  94.05 
 
 		 91 bp  127  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  85.87 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  86.81 
 
 		 89 bp  69.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_002950  PGt14  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.211002 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2624  hypothetical protein  93.75 
 
 		 702 bp  48.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.0379727 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>