121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Leu-2 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  93.65 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  96 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0041  tRNA-Leu  92.98 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  85.23 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0062  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000546753  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0823  tRNA-Leu  84.93 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0051  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0027  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  82.89 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0020  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  83.82 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0221479  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0031  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  84.13 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>