77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_tRNA-Leu-2 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0045  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0092775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0022  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0026  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0562961  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03620  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0256458  normal  0.0430862 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0009  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0064  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000032278  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0001  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133172  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0001  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0823  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02220  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0014  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000108759  hitchhiker  0.00000048604 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4742  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0075  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0014  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0044  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.872486  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0433  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00083  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.65356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5112  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00828021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00533985  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1246  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.157019  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4326  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92812  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0038  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00225863  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2563  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0643  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0025  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0121967  normal  0.525064 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0013  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0899953 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0044  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.784773  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>