113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0015 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00083  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0082  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5112  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00828021  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4742  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0014  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0082  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0075  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0610  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0008  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0457  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.174165  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R29  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0059  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0099  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.331877  hitchhiker  0.00233917 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075209  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.361468  hitchhiker  0.00416301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0535721 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0028  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0043  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.446566  hitchhiker  0.00000163601 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2631  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0019  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.399709  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>