93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0019 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.399709  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0019  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.23458  hitchhiker  0.000680793 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0020  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12940  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266411  normal  0.24384 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000367535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0036  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305194  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  85.96 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0027  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0036  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0083  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.285322  normal  0.0887227 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10010  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.592276  normal  0.477324 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14940  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.183557  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0024  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.233646  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0032  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102666  normal  0.269266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0027  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.234892  hitchhiker  0.00487683 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0014  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0032  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4742  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0027  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000236208  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0756362  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000397125  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0003  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0075  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0057  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000529794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0003  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.130839  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0001  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133172  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0055  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000760879  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0004  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0018  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0115557  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00083  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0001  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5112  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00828021  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0055  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000126446  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.273052  hitchhiker  0.00863967 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0064  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0015  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.418759  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0030  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0016  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0047  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>