140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0003 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.130839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0057  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000529794  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0059  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.310477  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0001  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133172  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0001  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0044  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0022  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0224187  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0018  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0115557  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0034  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0742482  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000126446  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0016  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0056  tRNA-Leu  95 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.756385 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0352979  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0039  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0052  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0074  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000023542  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0005  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.202243  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.036867  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0108  tRNA-Leu  84 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000140726  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0261  tRNA-Leu  84 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000000661885  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0069  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259157  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0055  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000760879  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0017  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295735  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_662  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.927512  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0009  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.410266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0026  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000397125  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0015  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0014  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000119185  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.399709  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1877  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000035739  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000135944  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000586892  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0029  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  81.61 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0051  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0001  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.484304  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0070  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00142723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>