124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0055 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0001  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133172  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0001  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0039  tRNA-Leu  87.64 
 
 		 89 bp  81.8  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0115557  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.130839  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000529794  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000126446  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0059  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.310477  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0352979  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0052  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0026  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000397125  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0074  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000023542  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0055  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000760879  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0457  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.174165  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.399709  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0066  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.623662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0009  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.410266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0038  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0015  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0029  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0582952  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0024  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.233646  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0067  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338605  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>