87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0010 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 82 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 83 bp  73.8  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0062  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  86.3 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0019  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0022  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0026  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0562961  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0064  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000032278  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0091  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.352148  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0003  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.130839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0003  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0040  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0034  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.245269  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  83.58 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  83.1 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0055  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>