158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0059 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0059  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.310477  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0003  tRNA-Leu  93.1 
 
 
87 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.130839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0003  tRNA-Leu  93.1 
 
 
87 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0057  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  111  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000529794  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0022  tRNA-Leu  95.35 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0224187  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0074  tRNA-Leu  85.54 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000023542  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0001  tRNA-Leu  87.5 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133172  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0001  tRNA-Leu  87.5 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0044  tRNA-Leu  85.06 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  90 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0044  tRNA-Leu  84.88 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0018  tRNA-Leu  84.09 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0115557  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  83.33 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  89.8 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0034  tRNA-Leu  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0742482  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0004  tRNA-Leu  96.97 
 
 
88 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  83.53 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.036867  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0014  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  90.91 
 
 
87 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.44 
 
 
88 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.44 
 
 
88 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.44 
 
 
88 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0056  tRNA-Leu  95 
 
 
84 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.756385 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0026  tRNA-Leu  96.88 
 
 
89 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000397125  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  94.44 
 
 
83 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0017  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.295735  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_662  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.927512  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.410266  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  94.44 
 
 
82 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0029  tRNA-Leu  96.88 
 
 
88 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000126446  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0055  tRNA-Leu  96.88 
 
 
88 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  92.31 
 
 
86 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000119185  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 
87 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1877  tRNA-Leu  92.31 
 
 
86 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000035739  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0039  tRNA-Leu  84.27 
 
 
89 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0101  tRNA-Leu  92.31 
 
 
84 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000279606  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0029  tRNA-Leu  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0051  tRNA-Leu  94.29 
 
 
83 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0027  tRNA-Leu  93.94 
 
 
88 bp  50.1  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.102213  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1614  tRNA-Leu  96.55 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1359  tRNA-Leu  90.24 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.331656  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  93.94 
 
 
88 bp  50.1  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  93.75 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  93.75 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0002  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0108  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000140726  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0261  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000000661885  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0237  tRNA-Leu  90 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000149567  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0001  tRNA-Leu  90.91 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.484304  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0041  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000890784 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  93.75 
 
 
89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  93.75 
 
 
89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  93.75 
 
 
89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000413572  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000872679  normal  0.444657 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0062  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0352979  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  91.43 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0067  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000720864  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0086  tRNA-Leu  100 
 
 
83 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208986  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  93.55 
 
 
89 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0066  tRNA-Leu  83.58 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0018  tRNA-Leu  91.43 
 
 
84 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000485581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>