83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_R0097 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5112  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00828021  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00083  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4742  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0075  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  98.82 
 
 
85 bp  161  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  89.41 
 
 
87 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  89.41 
 
 
87 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0610  tRNA-Leu  95.56 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  85.06 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  96.77 
 
 
90 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  96.77 
 
 
88 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0008  tRNA-Leu  96.77 
 
 
86 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0457  tRNA-Leu  92.86 
 
 
84 bp  52  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.174165  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R29  tRNA-Leu  96.55 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  85.19 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  96.43 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  96.43 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  96.43 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  96.43 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  96.43 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.399709  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2631  tRNA-Leu  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0028  tRNA-Leu  91.43 
 
 
83 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  83.1 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0043  tRNA-Leu  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.446566  hitchhiker  0.00000163601 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  93.55 
 
 
83 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0020  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  91.43 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0021  tRNA-Leu  93.55 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97423e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  88.1 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  91.18 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2388  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.519883  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2346  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3331  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0502824  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1974  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232762  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2501  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  91.18 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1247  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0032  tRNA-Leu  93.33 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.522989  normal  0.148757 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3345  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>