110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_R0128 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0118  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0026  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t075  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000081141 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  83.13 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00083  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0082  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0014  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5112  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00828021  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0082  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0075  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4742  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0041  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  84.48 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  82.86 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>