98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0003 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  98.63 
 
 		 84 bp  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  98.63 
 
 		 87 bp  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  98.63 
 
 		 84 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  98.63 
 
 		 84 bp  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 86 bp  127  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  94.94 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0003  tRNA-Leu  94.94 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  97.26 
 
 		 87 bp  121  3e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  93.83 
 
 		 86 bp  121  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  95.89 
 
 		 84 bp  113  7.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  111  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  93.06 
 
 		 83 bp  103  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00430  tRNA-Leu  92.65 
 
 		 83 bp  95.6  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.366056  normal  0.305981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0003  tRNA-Leu  92.54 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649552  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  93.7  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  90.67 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0003  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0073  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357526  normal  0.875145 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0063  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0016  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0003  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0003  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.399335 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2523  tRNA-Leu  83.13 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00808759  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0018  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000485581  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  84.93 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0040  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0360515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0038  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000434442 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26300  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  84.93 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03410  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.706698 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000000112966  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0058  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0056  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.756385 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0562961  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  83.1 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0041  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0092775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0001  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.484304  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0064  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000032278  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0022  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00225863  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0018  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531024  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1519  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000428065  normal  0.832242 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>