202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6027 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  103  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  89.8 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  89.8 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  82.56 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t066  tRNA-Leu  82.56 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000841762  hitchhiker  0.00000000876974 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  82.56 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>