More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0044 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  92.05 
 
 		 86 bp  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  92.54 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  100 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0083  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.285322  normal  0.0887227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  95 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  95 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  95 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  87.72 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0046  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.339805  hitchhiker  0.00120057 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1015  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309143  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  87.04 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00711  hypothetical protein  100 
 
 		 1389 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0271557  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309067  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.086825  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309118  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.253847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>