181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0044 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  91.01 
 
 		 89 bp  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 89 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0037  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000268992  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0033  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2681  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000136258  normal  0.046213 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0029  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0050  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0866765  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1274  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0068  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0085  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.196786  normal  0.612491 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0086  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.115514  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0013  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.467746  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0104  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0102  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00398757  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>