54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0046 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.339805  hitchhiker  0.00120057 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0083  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.285322  normal  0.0887227 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0037  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000268992  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0015  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.418759  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0019  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.23458  hitchhiker  0.000680793 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0876  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.322681  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0020  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0021  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000367535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0049  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000776384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0054  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0307  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.664926  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0029  tRNA-Leu  83.58 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000810076  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0036  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10010  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.592276  normal  0.477324 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0064  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0021  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.148955  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0036  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305194  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0044  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 81 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.968871  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>