179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0007 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0011  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.664926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19630  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.93343  normal  0.0188921 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  95 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  95 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0032  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0045  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1224  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0795794  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0027  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0171  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.661922  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0038  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0037  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.53557  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>