270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0028 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 88 bp  91.7  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  79.8  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0046  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000531396  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  88.33 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0021  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.148955  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0050  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0866765  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  83.15 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  83.15 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  83.15 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0068  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0085  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.196786  normal  0.612491 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0086  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.115514  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  100 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>