123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0043 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0036  tRNA-Leu  91.07 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.305194  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0083  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.285322  normal  0.0887227 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  86.84 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0020  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0027  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000316581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2501  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3345  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  86.84 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1974  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3331  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0502824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2346  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2388  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.519883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1247  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  86.84 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  86.84 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0028  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  89.83 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0051  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0627973  hitchhiker  0.00000000000000388179 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  82.89 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0043    91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.935745 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0059  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0013  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.467746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  82.89 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  85.53 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  82.89 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  82.14 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0099  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0031  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.331877  hitchhiker  0.00233917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0037  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000268992  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075209  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.361468  hitchhiker  0.00416301 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0033  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0015  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.418759  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.025828 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>