193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0041 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  91.01 
 
 		 89 bp  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  97.92 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 86 bp  79.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 89 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t18  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1015  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0038  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.504374  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0043    94.12 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.935745 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  88.68 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0029  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  86.3 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>