128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0025 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  94.19 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 89 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  95 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0043  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0021  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.148955  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0045  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t18  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1015  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0038  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.504374  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>