169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0080 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  100 
 
 
92 bp  79.8  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  95.74 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  95.65 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  91.67 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  93.62 
 
 
88 bp  69.9  0.00000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  97.44 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  93.62 
 
 
88 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  93.62 
 
 
88 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  93.18 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  95 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  91.67 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  97.22 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  97.22 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  95 
 
 
92 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  97.22 
 
 
89 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  90.2 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  90.2 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  90.2 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  90.2 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  94.87 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1274  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  85.06 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  91.49 
 
 
89 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2681  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000136258  normal  0.046213 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  83.91 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  92.86 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  91.11 
 
 
84 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  92.5 
 
 
87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  92.5 
 
 
87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 
87 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  95 
 
 
89 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  95 
 
 
89 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 
88 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  89.36 
 
 
86 bp  54  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  89.36 
 
 
89 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.29 
 
 
85 bp  54  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  94.29 
 
 
85 bp  54  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  90.7 
 
 
87 bp  54  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  89.36 
 
 
89 bp  54  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  89.36 
 
 
87 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  94.29 
 
 
90 bp  54  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  90.7 
 
 
89 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  89.36 
 
 
89 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  94.29 
 
 
90 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  94.29 
 
 
89 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  89.36 
 
 
89 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  94.29 
 
 
90 bp  54  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  89.13 
 
 
87 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  89.13 
 
 
88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0027  tRNA-Leu  92.11 
 
 
89 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.161341  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>