88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Leu-5 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  113  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  85.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  88.33 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  88.33 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0037  tRNA-Leu  90.38 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000268992  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0027  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000316581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0083  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.285322  normal  0.0887227 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0093  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.449297  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0049  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0048  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.889527 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0051  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  86.3 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0046  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  86.54 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0033  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  84.75 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>