168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0049 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  90.2 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  90.2 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  90.2 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0040  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000876767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  88 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000113622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000129423  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000003271  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0021  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00453135  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0049  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000545607  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0097  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000723849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>