120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_R0030 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt14  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.211002 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0029  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0582952  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0037  tRNA-Leu  84.13 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000248476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4578  tRNA-Leu  86.27 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0039  tRNA-Leu  84.13 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.304437  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0023  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0082  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212211  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0582  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.604071  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>