110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0028 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0051  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0823  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0307  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0005  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0035  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.022075 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0037  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.53557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>