292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0042 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4578  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  92.54 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0031  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.264457  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0019  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.562399  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0025  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0001623  hitchhiker  0.000378957 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0031  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0696891  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154328 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0025  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00953223  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0082  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212211  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0029  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0582952  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0582  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.604071  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0006  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000531495  normal  0.328026 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0091  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.352148  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0040  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.850401 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0023  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>