146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0108 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna084  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03630  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  96 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0033  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44508 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0021  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97423e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0029  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0060  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0026  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0068  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0064  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>