57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0063 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  97.33 
 
 		 82 bp  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  90.12 
 
 		 84 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0014  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0911  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>