84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0011 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0036  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154889  normal  0.245058 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0009  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000649352 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0011  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  6.87033e-26  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>