75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0008 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0002  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000443996  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_3  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 94 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_7  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 94 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.010437 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0003  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.79204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0595904  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0033  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258005  decreased coverage  0.00480976 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.717284 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_10  tRNA-Lys  87.23 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>